Esta comuna, como la mayoría de la ciudad, fue siendo poblada por campesinos que, entre las décadas de los 60’s y los 80’s, llegaban expulsadas por las violencias que se presentaban en el plano rural y, también, en búsqueda de mejores oportunidades. Sin embargo, desde los años 80, aparecen “las primeras expresiones armadas, conocidas como las Milicias Populares del Pueblo y para el Pueblo y las Milicias América Libre, y su posterior reconfiguración, hacia el año 1995, con la aparición de los Comandos Armados del Pueblo (CAP)”, afirma la Corporación Jurídica Libertad (CJL) en el informe “Comuna 13 memorias de un territorio en resistencia”. <<Véase https://cjlibertad.org/informe-comuna-13-memorias-de-un-territorio-en-resistencia/>>

La aparición de estos grupos armados, dedicados a la seguridad y el control social (limpieza social), fue vinculada ideológicamente a los proyectos guerrilleros de las Farc y el ELN. Estos dos grupos guerrilleros, a finales de los años 90, buscaron hacerse con el control territorial en los centros urbanos del país. Es así, como llegan a la Comuna 13 con la idea de tomarse este territorio que es también un corredor estratégico “que une el suroccidente de la ciudad con el Occidente del departamento y con la salida al mar por Urabá, importante para el tráfico de armas, drogas y el control militar de Medellín” (CJL). <<Véase https://cjlibertad.org/informe-comuna-13-memorias-de-un-territorio-en-resistencia/>>

No obstante, antes de la llegada de las Farc y el ELN, grupos paramilitares ya hacían presencia en el territorio (por ejemplo, el Bloque Metro y el Frente José Luis Zuluaga de la ACMM) y, según la Corporación Jurídica Libertad, la presencia guerrillera fue, de hecho, un factor de retraso para la expansión del dominio paramilitar en la comuna.
La confrontación de estos dos grupos armados (guerrillas vs. paramilitares) sumada a la persecución de los grupos subversivos (guerrilleros)  por parte de las fuerzas armadas desencadenó una lucha a sangre y fuego por el control territorial. De esta manera, se desplegaron las operaciones militares en Medellín como parte de la estrategia de seguridad estatal en la que, años más tarde, se demostró la connivencia con los actores paramilitares para su desarrollo.

Desde 2001, con el comienzo de las operaciones militares de los organismos de seguridad del Estado, en la Comuna 13 se dio inicio a un proceso de militarización que se extendería hasta 2003 y su pico ocurriría en 2002. En ese periodo se desplegaron al menos 25 operaciones militares, 15 de ellas en 2002.

Los operativos militares ejecutados en la comuna fueron diseñados, impulsados y desplegados por castrenses adscritos a la Cuarta Brigada del Ejército Nacional, miembros de la Policía Metropolitana del Valle de Aburrá, la Fuerza Aérea Colombiana (FAC), funcionarios del Cuerpo Técnico de Investigaciones Judiciales (CTI) y del hoy extinto Departamento Administrativo de Seguridad (DAS); acompañados por la Fiscalía General de la Nación, la Procuraduría General de la Nación, más el apoyo de la administración local y nacional.

De igual modo, en los operativos se hizo uso de civiles uniformados, armados y encapuchados como fuerzas auxiliares (Amnistía Internacional Colombia) que actuaron como guías y señalaron los lugares y personas sobre las cuales se cometieron los excesos y crímenes; este personal integraba estructuras paramilitares articuladas en el Bloque Cacique Nutibara.

Solo para dimensionar los efectos en la población civil, producto de la Operación Orión (octubre del 2002) dejó: 29 agentes estatales que cometieron seis desapariciones forzadas (Corporación Jurídica Libertad [CJL]), fueron muertas 10 personas señaladas como terroristas (CJL) y hubo desplazamiento intraurbano, múltiples hurtos, allanamientos irregulares y 576 detenciones arbitrarias.

Información tomada de INFORME COMUNA 13: MEMORIAS DE UN TERRITORIO EN RESISTENCIA

Según datos del informe “Medellín: memorias de una guerra urbana” en Medellín entre 1980 y 2014 tiene un registro de 2.784 personas desaparecidas. En el caso de la Comuna 13, la Corporación Jurídica Libertad tiene registrado 463 casos de personas desaparecidas, la mayor parte de ellos ocurridos entre el periodo 2001 – 2003 época de los operativos militares en este territorio.

Una parte de las desapariciones forzadas se dio en el marco de las operaciones militares. El cabecilla del Bloque Cacique Nutibara, Diego Murillo, alias don Berna, habló de la relación entre sus acciones y la coordinación con las fuerzas militares: “El Cacique Nutibara hizo inteligencia, logró la ubicación de guerrilleros, se infiltró dentro de la población civil y todos esos datos se le adjuntaron a las fuerzas militares (…) varios de nuestros hombres fueron allá, muchos de ellos iban encapuchados, se identificó varias personas, algunas fueron dadas de baja, otros fueron capturados y después desaparecidos”. (véase pp. 134 -135)
En este mismo sentido, la Sala de Conocimiento de Justicia y Paz, del Tribunal Superior de Medellín, indicó que “una gran parte de quienes eran retenidos y desaparecidos eran personas que habían sido detenidas y registradas por la Policía y el Ejército Nacional durante las operaciones Mariscal y Orión o capturadas y registradas en la estación de policía”. (véase p. 96)

Es aquí donde aparece el testimonio de Juan Carlos Villa Saldarriaga, alias Móvil 8, exparamilitar quien indicó, en el año 2004, que los cuerpos de las personas desaparecidas había sido inhumados clandestinamente en la Arenera y la Escombrera ubicadas en la parte alta de la Comuna 13. Ello coincidió con los relatos de familiares de desaparecidos y de testigos quienes indicaron que los cuerpos fueron enterrados en estos sitios.

Es importante indicar que a pesar de las declaraciones de Villa y de los testimonios de las víctimas, ni la Fiscalía General de la Nación ni la Alcaldía de Medellín intervinieron en el lugar. Además, con un agravante indicado por cifras que sostienen que luego de la Operación Orión se incrementan las desapariciones forzadas en la ciudad y en la Comuna 13. Solo se tendrán acciones institucionales hasta el año 2015.

(Centro Nacional de Memoria Histórica, Véase p. 231)