Mediante Acuerdo N°15 del 30 de agosto de 2016 del Consejo Directivo adoptó la estructura organizacional del Museo Casa de la Memoria, en el cual se definen dos áreas o dependencias.

1. Dirección General
2. Subdirección Administrativa

La misión de la entidad se desarrolla mediante un modelo de procesos, cuyos objetivos son los siguientes:

Procesos Estratégicos

Gestión Estratégica:

Objetivo: Planear, direccionar y revisar la gestión integral del MCM, con el fin de posibilitar el logro de sus objetivos institucionales, su misión y su visión y el cumplimiento de su cometido estatal.

Gestión Comunicaciones:

Objetivo: Visibilizar las acciones, los atributos y las necesidades inherentes al desarrollo de la Misión del MCM, ante actores clave para el fortalecimiento y reconocimiento de este y sus logros, en los ámbitos nacional e internacional.

Procesos Misionales

Construcción y Circulación de Contenidos:

Objetivo: Construir y resignificar las narrativas y memorias del conflicto armado para contribuir a las garantías de no repetición, la reparación simbólica y la reconciliación.

Visibilización y Transferencia de Memoria:

Objetivo: Generar estrategias educativas y experiencias museográficas que propicien el dialogo intersubjetivo, la reflexión y comprensión de las memorias del conflicto y las violencias derivadas, como plataforma para la construcción de paz y el fortalecimiento de las comunidades.

Promoción del Lazo Social:

Objetivo: Generar estrategias de participación ciudadana mediante espacios sociales y culturales para la construcción de paz desde la pluralidad y el reconocimiento de las voces diversas.

Procesos Apoyo

Gestión Humana:

Objetivo: Gestionar las actividades que permitan contar con personal competente y motivado en el MCM, generando niveles de productividad, Salud y Seguridad en el Trabajo que posibiliten el cumplimiento de los objetivos estratégicos.

Gestión de Recursos Internos

Objetivo: Administrar de forma eficaz, segura y confiable los recursos   financieros, tecnológicos, físicos y documentales del MCM, posibilitando una gestión eficiente de los procesos institucionales.

 Gestión Jurídica

Objetivo: Brindar apoyo jurídico oportuno a los diferentes procesos realizados en el MCM, buscando que todas las actuaciones se gesten bajo los principios de transparencia y legalidad estipulados en la normatividad vigente en Colombia.

Evaluación y Control

Gestión de Control y Mejora Institucional

Objetivo Mejorar y evaluar la gestión de los procesos con el fin de aumentar la capacidad de cumplir con los objetivos estratégicos.